法律分析:
一是企业自身不够重视。认为退税金额不大，申报程序繁琐，增加工作量，进项税税额留抵也没有过期失效，从成本管理与效益方面考虑，导致有些企业未及时申请。
二是优惠力度不大。进项加计抵减优惠享受企业范围不大，优惠比例不高。因该项的享受必须具有一般纳税人资格的四类服务性行业，除去邮政服务、电信服务类企业，地方只有一般纳税人资格的现代服务、生活服务性企业可以享受该项，从目前税务部门取得的数据可以看出，真正享受该项的企业及税额比率不高。
三是执行存在延时性。主要是税务部门的操作系统及其他各部门的系统软件不能及时更新配套上的变化，导致执行有一定延时性，造成进项税税额留抵退税未及时退出。
四是减税的同时成本增加。针对优惠实施，大量的宣传、培训、考核工作，给地方税务主管机关和企业增加了一定的负担，特别是一些小税种的优惠，优惠程度小，占比例小，相比之下增加了机关和企业管理成本。
法律依据:
《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权规定的，依照制定的行规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行规相抵触的决定。
第四条 法律、行规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。
法律、行规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
